Пока Владимир Игоревич ходит на представительные международные конференции, мы тут тоже времени зря не теряем и считаем чужие деньги. Сегодня мы считаем деньги МГУ, которые тратятся в том числе и на суперкомпьютеры, среди которых особое место занимает "Ломоносов". Но кто же и что на нём считает?
Считают на нём, например, эти замечательные люди. "Ускоряет и удешевляет", -- говорят они. Но говорят ли они правду? Как сообщила докладчица, для проведения вычислительного эксперимента "Ломоносов" был использован в монопольном режиме на майских праздниках в течение недели. Несложный расчёт с использованием прошлогодних тарифов (в этом году майские только ожидаются) подсказывает нам, что одной только электроэнергии было потрачено примерно на 1,3М рублей. 1,3 миллиона, да. Только на то, чтобы отобрать 40 структур (из 800 000; это 0.005%), потом протестировать (за отдельные деньги, естественно) и не найти ничего принципиально нового, только 14 малоактивных по отношению к конкретной мишени соединений. Нет, 14 из 40 -- это хороший результат, с ним можно работать дальше, но стоит ли он потраченных денег?
Не углубляясь в детали, можно сказать, что надо было применить более эффективный с вычислительной точки зрения метод. Скажем, вместо армии андроидов-копателей с позиционируемыми по GPS и ГЛОНАСС одновременно лопатами использовать для рытья котлована простой экскаватор, предварительно взорвав пару динамитных зарядов, чтобы часть удаляемой земли сразу взлетела на воздух (лучшие сравнения приветствуются). Тогда можно было бы не выгонять всех с мегакластера на неделю, а потратить два часа на десктопе на предварительный отбор и затем пару дней на более серьёзный анализ данных на небольшом кусочке мегакластера, скажем, на 32 узла из пяти с лишним тысяч. И получить точно такой же результат в сотню раз дешевле. А на оставшийся миллион (после накладных расходов, хе-хе) провести синтез, испытания in vitro и начать испытания in vivo (более точный расчёт ожидается). Но, как известно, у нас в деревне не ищут лёгких путей.
Считают на нём, например, эти замечательные люди. "Ускоряет и удешевляет", -- говорят они. Но говорят ли они правду? Как сообщила докладчица, для проведения вычислительного эксперимента "Ломоносов" был использован в монопольном режиме на майских праздниках в течение недели. Несложный расчёт с использованием прошлогодних тарифов (в этом году майские только ожидаются) подсказывает нам, что одной только электроэнергии было потрачено примерно на 1,3М рублей. 1,3 миллиона, да. Только на то, чтобы отобрать 40 структур (из 800 000; это 0.005%), потом протестировать (за отдельные деньги, естественно) и не найти ничего принципиально нового, только 14 малоактивных по отношению к конкретной мишени соединений. Нет, 14 из 40 -- это хороший результат, с ним можно работать дальше, но стоит ли он потраченных денег?
Не углубляясь в детали, можно сказать, что надо было применить более эффективный с вычислительной точки зрения метод. Скажем, вместо армии андроидов-копателей с позиционируемыми по GPS и ГЛОНАСС одновременно лопатами использовать для рытья котлована простой экскаватор, предварительно взорвав пару динамитных зарядов, чтобы часть удаляемой земли сразу взлетела на воздух (лучшие сравнения приветствуются). Тогда можно было бы не выгонять всех с мегакластера на неделю, а потратить два часа на десктопе на предварительный отбор и затем пару дней на более серьёзный анализ данных на небольшом кусочке мегакластера, скажем, на 32 узла из пяти с лишним тысяч. И получить точно такой же результат в сотню раз дешевле. А на оставшийся миллион (после накладных расходов, хе-хе) провести синтез, испытания in vitro и начать испытания in vivo (более точный расчёт ожидается). Но, как известно, у нас в деревне не ищут лёгких путей.
Posts
2 comments:
LOL! Вот и я про то, весь это докинг, особенно в провинциальных универах 100 % очковтирательство и нано-пурга еже с ним. Если вы хоть раз была на заседании уч совета, и каждый клянчит бабло на всякую подобную фигню. Уж лучше всякую беспонтовую органику варить чем занисатся подобными еретичными вещями...
Да ладно, лучше заниматься хорошей компьютерной химией, чем варкой беспонтовой органики. Но хороших компьютерных химиков очень мало.
Post a Comment